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2026.03.01

青色申告65万円控除が受けられなくなるケースを税理士が解説

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青色申告の届出を出せば安心？実は要件を満たさないと65万円控除が受けられなくなるケースがあります。

青色申告65万円控除の大前提：対象となる所得の種類

青色申告を選択している人は毎年当たり前のように65万円の控除を受けているかと思いますが、実はちゃんと要件を満たしているつもりでも65万円控除を受けられなくなってしまうことがあります。

まず大前提として、確定申告において65万円の青色申告特別控除を受けられるのは、次のいずれかに該当する人です。

事業所得がある人（フリーランス・個人事業主など）
事業的規模の不動産所得がある人

例えば副業で稼いだお金を雑所得として申告する必要がある場合、雑所得では青色申告特別控除65万円の適用はありません。そもそも雑所得の場合は青色申告の適用がないということになります。

不動産所得については「事業的規模」であることが必要です。例えばサラリーマンなどが余剰資金で投資を行っているような規模ではなく、事業として行っているような規模が求められます。事業的規模の形式基準としては5棟10室以上というものがあります。

⚠️ 注意

マンション1室・2室といった規模では事業的規模とは言えず、青色申告を行っていても65万円の控除は受けられません。10万円の控除にとどまってしまいます。

ただし、事業所得と不動産所得の両方がある方は65万円の控除を受けられます。つまり、本業で事業所得（フリーランス・個人事業主）があり、その方が余剰資金で不動産投資を行っていた場合、その不動産投資が事業的規模でなくマンション1室・2室であったとしても、65万円の控除を受けることができます。

📌 ポイント

事業所得と不動産所得が両方ある場合、65万円はまず不動産所得から差し引き、不動産所得が65万円未満だった場合は残りを事業所得から差し引くことができます。

📝 このセクションのまとめ

65万円控除の対象は「事業所得」または「事業的規模の不動産所得」がある人
雑所得では青色申告特別控除の適用なし
不動産所得は5棟10室以上の事業的規模が必要
事業所得があれば、非事業的規模の不動産所得でも65万円控除を受けられる

【落とし穴①】確定申告書の提出が期限に遅れた場合

青色申告を行っていれば当然に65万円控除が受けられるというわけではなく、場合によっては10万円の控除になってしまいます。その1つ目が、確定申告書の提出が遅延した場合です。

確定申告書の提出期限は3月15日です。1秒でも遅延した場合、つまり3月16日の0時を回った瞬間以降に提出した場合は遅延となってしまい、青色申告特別控除が65万円から10万円に減額されてしまいます。

⚠️ 注意

これは結構な盲点です。知らずに65万円で申告してしまい、税務署から「遅延しているので10万円の控除しか受けられません。修正申告して追加の税金を納めてください」と連絡が来るケースがあります。

なお、年によっては提出期限の延長が認められることがあります。例えば過去にはコロナの特例による延長がありました。また、能登半島地震（2024年1月1日発生）によって被害を受けた方については、確定申告書の提出期限の延長が認められています。それ以外にも税務署が認める場合には延長が認められるケースもありますので、気になる方は税務署へ問い合わせてください。

📝 このセクションのまとめ

期限は3月15日。1秒でも遅れると65万円→10万円に減額
災害等の特例で延長が認められる場合がある
不明な場合は税務署に確認する

【落とし穴②】貸借対照表を提出しない・空っぽの貸借対照表を提出した場合

青色申告特別控除65万円の要件として、貸借対照表を作成・提出することが求められます。貸借対照表とは、売上・経費ではなく、その事業者の資産と負債の項目・金額をまとめた決算書のことです。複式簿記で記帳していれば、きちんとしたものが出来上がります。

貸借対照表を作成するにはExcelや手書きでは難しいため、会計ソフトを使うことが推奨されます。ただし、会計ソフトで貸借対照表を作成しても、税務署へ提出しなければ65万円控除は受けられず、10万円控除になってしまいます。

さらに、提出したとしても貸借対照表が実質的に空っぽだった場合も問題です。例えば青色申告をしながら売上・経費の記録しか取っていないケースでは、会計ソフトに入力しているので貸借対照表のフォームは出てくるものの、中身を見ると次のような状態になっていることがあります。

事業主借・事業主貸しだけ
事業主借・事業主貸し・元入金だけ
現金・預金・売掛金・買掛金・未払金・固定資産などが一切ない

⚠️ 注意

事業に関係する資産・負債が全くなく、実質的に空っぽの貸借対照表を提出した場合、形式上は満たしているように見えても、税務調査などで「これは貸借対照表を作ったことにはならない。青色申告65万円の要件を満たしていない」と指摘される可能性があります。その場合は10万円控除となり、修正申告が必要になります。自分で申告しているという人に多いケースです。

📝 このセクションのまとめ

貸借対照表の作成・提出が65万円控除の要件
提出しなければ10万円控除に減額
空っぽの貸借対照表では税務調査で否認されるリスクあり

【落とし穴③】複式簿記による記帳を行っていない場合

複式簿記（正規の簿記）による記帳を行っていなければ、65万円控除が10万円控除に減額されてしまいます。複式簿記とは、借方・貸方をきちんと記録し、売上・経費の動きだけでなく、貸借対照表を作るための資産・負債の動きもきちんと記帳することです。

帳簿としては、複式簿記による場合は簡易帳簿だけでは不十分で、仕訳帳・総勘定元帳といった帳簿もきちんと作成しなければなりません。

📌 ポイント

帳簿は確定申告の際に税務署へ提出するわけではないため、帳簿が不十分だからといって即座に「65万円控除はダメ」と言われるわけではありません。ただし、税務調査に入られた際に控除額を10万円に減らされる可能性があります。税務調査までを考えた場合は、きちんと複式簿記で記帳しておくことが重要です。

📝 このセクションのまとめ

複式簿記（仕訳帳・総勘定元帳）による記帳が必要
帳簿は提出不要だが、税務調査で確認される
不十分な記帳は税務調査時に10万円控除に減額されるリスクあり

【落とし穴④】紙で確定申告書を提出した場合（65万円→55万円）

これは比較的最近できたルールですが、紙で確定申告書を提出した場合は65万円控除ではなく55万円の控除に減額されてしまいます。10万円まで減らされるよりは損は少ないですが、10万円分の控除が減ってしまう点は覚えておいてください。

65万円の控除を受けるためには、次のいずれかが必要です。

方法	控除額	備考
仕訳帳・総勘定元帳を電子帳簿保存する	65万円	小規模事業者にはハードルが高め
e-Taxで電子申告する	65万円	おすすめの方法
紙で申告書を提出する	55万円	10万円減額される

電子帳簿保存は特に小規模事業者にとってはハードルが高いため、e-Taxによる電子申告がおすすめです。e-Taxでの申告は国税庁が提供している「確定申告書等作成コーナー」でも利用でき、マイナンバーカードがあれば非常にスムーズに電子申告できます。

⚠️ 注意

65万円控除を受けるための電子申告は、確定申告書（第1表・第2表・第3表など）だけでなく、青色申告決算書（損益計算書・貸借対照表）についても電子申告する必要があります。損益計算書・貸借対照表を紙で送ってしまった場合も65万円控除は認められず、55万円控除になってしまいます。基本的に、電子申告を受け付けていない書類以外はすべてe-Taxで提出することが重要です。

📝 このセクションのまとめ

紙申告では65万円→55万円に減額
65万円控除にはe-Taxによる電子申告または電子帳簿保存が必要
申告書だけでなく青色申告決算書（損益計算書・貸借対照表）もe-Taxで提出すること
マイナンバーカード＋確定申告書等作成コーナーで電子申告が可能

65万円控除が受けられなくても残る青色申告のメリット

65万円控除が受けられなくなって55万円や10万円の控除になったとしても、青色申告をしている限りはその他の青色申告のメリットは適用できます。青色申告の特典として、次のものがあります。

特典	内容	白色申告との違い
純損失の繰越控除	損失が出た場合に3年間将来に繰り越せる	白色は不可
純損失の繰戻し還付	損失を1年前に遡って還付を受けられる	白色は不可
青色事業専従者給与	家族従業員への給与を経費にできる	白色は一定額のみ
少額減価償却資産の特例	30万円未満の減価償却資産を購入時に全額経費化（年間300万円まで）	白色は不可
一括評価の貸倒引当金	売掛金について一定率の貸倒引当金の計上が認められる	白色は個別評価のみ

一括評価の貸倒引当金については、来期には振り戻しが必要なため通年で見ると税額への影響は少ないかもしれませんが、今期だけで考えると信用取引を行っているような事業者には少しありがたい制度です。

📌 ポイント

65万円控除にこだわらないという方は、思い切って10万円控除を選択するという考え方もあります。10万円控除は帳簿付けが比較的楽になるため、その分の手間を省きながら、65万円控除以外のメリットをしっかり受けるというアプローチも有効です。

📝 このセクションのまとめ

65万円控除が受けられなくても、青色申告のその他のメリットは適用できる
純損失の繰越控除・繰戻し還付、専従者給与、少額減価償却資産の特例などが使える
帳簿付けの手間を省くために10万円控除を選ぶという考え方もある

最悪のケース：青色申告が取り消されてしまう場合

最悪のケースとして、青色申告そのものが取り消されることがあります。青色申告を取り消されてしまうと、青色申告のメリットが全て受けられなくなるため、要注意です。

青色申告が取り消される主なケースは次のとおりです。

帳簿書類の提示を拒否した場合
税務署長の指示に従わなかった場合
所得を隠蔽または仮装した場合（脱税）。ただし小額の脱税では取り消されることはなく、所得隠しの金額が所得の50%超という基準が一定の目安として示されている
二重帳簿（裏帳簿、いわゆるB帳簿）を作成した場合
電子データ保存の要件を満たしていない場合（ただし後述の通り可能性は低い）

電子データ保存の要件を満たしていない場合については、それ以外の経理書類によって内容がカバーされていれば、電子データ保存していないことだけをもって青色申告が取り消されることはないと国税庁も発表しています。そのため、電子データ保存がなされていないことだけを理由に青色申告が取り消される可能性は非常に低いと言えます。

📌 ポイント（個人事業主の方へ）

「2期連続で確定申告書が遅れたら青色申告が取り消される」と思っている方が多いですが、これは法人だけのルールです。個人の場合は2年連続で遅延・無申告でも青色申告が取り消されることはありません。ただし、遅延した場合は65万円控除が10万円控除に減額されるペナルティがありますので、期限内申告は必ず守ってください。

青色申告の取り消しは非常に重い処分であるため、税務署側も慎重に判断します。実際に適用される事例としては、多額の脱税をした場合や税務調査を断固として拒否した場合などが挙げられます。

📝 このセクションのまとめ