インボイス制度で消費税確定申告はどう変わる？本則・2割特例・簡易課税を税理士が解説

インボイス登録で消費税申告デビューした個人事業主・フリーランスの方へ。本則課税・2割特例・簡易課税の3つの計算方法を具体的な数字で比較し、どれが最も節税できるかを解説します。

結論：インボイス登録後の消費税、どの計算方法が有利か

今回インボイス番号を取得したことによって、初めて消費税の申告をしなければならなくなったという方も非常に多いかと思います。一体何がどう変わるのか、不安に思われている方に向けて、まず結論からお伝えします。

これはインボイス登録をしたことによって初めて消費税の申告デビューをしたという方に当てはまる傾向です。ただし細かな条件があって、100%この通りになるというわけではありません。また、元々消費税の申告をしていたという方にはこの限りではありません。

どれが有利かきちんと判断するためには、やはり会計ソフトを活用するのが最善策です。会計ソフトがあれば、比較的容易に有利・不利の判断ができます。

所得税と消費税の確定申告、何がどう違うのか

個人事業主・フリーランスにかかる主な税金の種類と、それぞれの申告の仕組みを整理しておきましょう。

所得税は、歴年（1月1日〜12月31日）の収入と経費を集計して所得を算出し、翌年2月16日から3月15日の間に自ら申告・納税します。この申告結果に基づいて、住民税や事業税が自動的に計算されて賦課されます。

消費税の申告期限は3月31日と所得税とは少しずれていますが、実務上は別々に作業するわけではありません。基本的には消費税の申告書を先に作成してから所得税の申告書を完成させるという流れになるため、3月15日までに消費税・所得税の両方をセットで終えるのが一般的です。

所得税と消費税は全く異なる税金ですが、会計ソフトを同一にすることによって、まとめて効率よく申告書を作成することができます。

消費税の3つの計算方法：本則課税・簡易課税・2割特例の違い

消費税の計算方法には大きく3つあります。それぞれの概要を確認しましょう。

本則課税は最も原則的な方法です。受け取った消費税（仮受消費税）から支払った消費税（仮払消費税）を差し引いた差額を納税します。設備投資が多い場合や輸出ビジネスをされている方はこの本則課税が有利になることが多いです。

簡易課税は特例制度で、基準期間（おおまかに言うと2年前）の課税売上高が5,000万円以下の場合に限り適用できます。ただし事前に届出が必要で、一度選択すると原則として2年間はやめることができないという継続要件があります。

2割特例はインボイス制度と同時に生まれた特例です。受け取った消費税のうち2割（20%）だけを納めればよいという、非常にシンプルかつ有利な計算方法です。

具体的な数字で比較：卸売業とライターの場合

実際に数字を使って3つの計算方法を比較してみましょう。まずは卸売業の事例です。

【事例①：卸売業の場合】売上500万円、経費350万円（いずれも税抜、税率10%で統一）

卸売業の場合、簡易課税の納税割合（みなし仕入率）は90%です。つまり仮受消費税50万円の90%にあたる45万円を仮払消費税として認めてもらえるため、納税額はわずか5万円となります。この事例では簡易課税が最も有利という結論になります。

卸売業は基本的に薄利多売のビジネスモデルであるため、利益率が薄いことを考慮して90%という高いみなし仕入率が設定されています。

【事例②：ライター（第5種事業）の場合】売上500万円、経費100万円

ライターさんの場合は経費が少ないため、本則課税では仮払消費税の控除額が少なく納税額が大きくなります。この事例では2割特例が最も有利という結論になります。

簡易課税の事業区分とみなし仕入率は以下の通りです。

2割特例の適用条件と使える期間

2割特例は非常に有利な制度ですが、使える期間と適用条件に注意が必要です。

2割特例が使えるのは、令和5年（2023年）10月1日から令和8年（2026年）9月30日までの日の属する各課税期間のみです。インボイス制度スタートと同時（令和5年10月1日）にインボイス登録して消費税申告デビューした個人事業主の場合、使えるのは最大4回となります。

• 令和5年分（今回の確定申告）
• 令和6年分
• 令和7年分
• 令和8年分（令和9年に行う確定申告まで）

令和9年以降は、現行税制ではこの2割特例は使えなくなっています。

また、2割特例には「インボイス登録して免税事業者から課税事業者になった場合にのみ適用される」という大前提があります。以下のケースでは適用できません。

消費税課税事業者選択届出書は、輸出事業者が輸出免税による還付を受けるために提出することがあります。もしこの届出を提出している場合、令和5年分の確定申告では2割特例は使えませんのでご注意ください。

2割特例の使い勝手の良さについては、以下の通りです。

• 事前届出は不要（簡易課税のような届出は必要ない）
• 2年間継続などの継続要件もない
• 簡易課税の届出を出していた場合でも、確定申告の段階で2割特例を選択することが可能
• 消費税確定申告書に2割特例に基づいて計算した内容を記載するだけでOK

インボイス制度で仮払消費税の集計が複雑になった

本則課税を選択する場合、仮払消費税の集計がインボイス制度スタートと同時に非常に複雑になりました。

従来は、支払いさえしていれば無条件で仮払消費税を全額控除できていました。しかし今回の確定申告からは、取引先がインボイス番号（適格請求書発行事業者の登録番号）を持っているかどうかによって、控除できる金額が変わります。

インボイス番号を持っていない事業者への支払いについては、経過措置として段階的に控除が制限されます。

例えば、ライターさんの事例で仮払消費税が10万円あり、取引先がインボイス番号を持っていない場合、最初の3年間は8万円しか控除できないため、納税額は42万円に上がってしまいます。さらにその後の3年間は5万円しか控除できず、6年経過後は全額控除不可で納税額は50万円になります。

確定申告の全体像：所得税と消費税の申告の流れ

確定申告の全体像を整理しておきましょう。個人事業主・フリーランスの場合、税金計算の流れは以下のようになります。

1. 売上の集計：売上請求書をもとに集計
2. 必要経費の集計：仕入請求書・現金払いの領収書・銀行通帳・クレジットカード明細・給与台帳などをもとに集計
3. 事業所得の算出：売上－必要経費＝事業所得（不動産の場合は不動産所得）
4. 消費税の申告書作成：この段階で消費税の計算・申告書を固める
5. 所得控除の適用：生命保険料控除・配偶者控除・医療費控除など個人の生活的事情を考慮した控除を適用
6. 課税所得の算出と所得税の計算：超過累進税率（最低5%〜最高45%）を適用
7. 税額控除の適用：住宅ローン控除・配当控除など
8. 復興特別所得税の加算：所得税額の2.1%が上乗せ

なお、所得金額が年間290万円を超える場合は事業税もかかります。

また、白色申告と青色申告の違いについても整理しておきましょう。

青色申告の65万円控除を受けるためには、複式簿記による貸借対照表と損益計算書の作成、さらにe-Taxによる電子申告が必要です。簿記の知識がなくても、会計ソフトを使えばこれらを作成することが可能です。

税理士に頼むべきか？会計ソフトを使うべきか？

税理士への依頼と会計ソフトの自力申告、それぞれのメリット・デメリットを整理します。

特に事業規模が小さく、売上が1,000万円に満たない方については、客観的に見て税理士に依頼するメリットは少ないのではないかと考えます。また、税理士業界も人手不足が進んでおり、繁忙シーズンに個人の確定申告だけを受け付けてくれる事務所は以前より少なくなっています。

会計ソフトの主なメリットは以下の通りです。

• 簿記・会計の知識がなくても複式簿記による帳簿作成が可能（55万円・65万円控除を受けられる）
• 入力した取引が自動的に転記・集計され、全ての帳簿が連動する
• 日付順に入力しなくても自動的に並べ替えてくれる
• ネットバンキング・クレジットカードとのデータ連携で自動仕訳が可能
• 青色申告・e-Tax（電子申告）に対応
• 消費税のインボイス制度・電子帳簿保存法に対応

特に本則課税の仮払消費税集計では、取引先ごとにインボイス番号の有無を事前登録しておくことで、80%控除か100%控除かを自動判定してくれます。この作業を手計算で行うのは事実上不可能なレベルです。

おすすめ会計ソフト：やよいの青色申告オンラインの活用法

会計ソフトとして特におすすめするのが、やよいの青色申告オンラインです。クラウド確定申告ソフトのシェアナンバーワン（シェア50%超）を誇り、簿記・会計の知識がなくても使いやすい製品設計になっています。

やよいの青色申告オンラインを使った確定申告・消費税申告の流れは以下の通りです。

1. 取引内容を入力（銀行・クレジットカード連携で自動取り込みも可能）
2. 画面の案内に沿って決算書・申告書を作成
3. 消費税2割特例を選択する場合は画面上でチェックを入れるだけ
4. e-Taxで電子申告（クラウドソフトから直接申告可能）

また、インボイス制度への対応として、取引先ごとにインボイス番号の有無を登録しておくことで、簡単取引入力画面から取引先を選択するだけで80%控除か100%控除かを自動判定してくれます。

電子帳簿保存法への対応として、スマート証憑管理機能が追加費用なしで利用できます。取引先から受領した領収書・請求書、自社発行の領収書・請求書・納品書・見積書などをクラウド上で電子化して保存できます。

プランと料金については以下の通りです（初年度無償キャンペーン実施中）。

まとめ：消費税の計算方法、どれを選ぶべきか

消費税の計算方法は3パターンありますが、どれが最も有利かについて最終的な整理をします。

ただし、これらは100%の正解ではありません。正確にどれが最も有利なのかは、実際に会計ソフトを使って数字を入力することで、より正確に把握することができます。

また、今回は2割特例が有利だったとしても、翌年以降に大きな設備投資や経費がかかって本則課税が有利になるケースもあります。さらに、2割特例は令和8年分（令和9年に行う確定申告）までしか使えません。2割特例がなくなった後のことも考えて、早めに会計ソフトを導入して業務効率化を図ることをおすすめします。

終わりに

本記事の内容は YouTubeチャンネル 税理士YouTuberチャンネル!! / ヒロ税理士 の下記動画を参考に作成しています。AIによる書き起こしを活用しているため、誤字脱字がある可能性があります。ご了承ください。
本サイトは 税理士YouTuberチャンネル!! / ヒロ税理士を応援しています！

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