ホーム » コラム » インボイス制度 » インボイス制度で課税事業者も大変！税理士が解説する絶対にやるべきこと3選

2026.02.23

インボイス制度で課税事業者も大変！税理士が解説する絶対にやるべきこと3選

e_zeirishi

インボイス制度は免税事業者だけの問題ではありません。消費税課税事業者にとっても事務負担が爆増します。制度開始までに絶対にやるべきこと3選を解説します。

インボイス制度は課税事業者にも大きく関係する

消費税インボイス制度というものは、消費税の免税事業者だけに大きく関わってくる制度だと勘違いされている方が非常に多いです。しかし実はそうではありません。課税事業者もめちゃくちゃ大変なんです。

2023年10月の制度開始まで1年を切った時点において、さまざまなコーナーからルール変更が少しずつ出てきています。この記事ではそれらも含めてご紹介します。

📌 制度対策が必要な人

一般消費者の方：ほとんど関係なし
免税事業者の方：販売先次第でインボイス番号取得・課税事業者への転換が必要になる可能性が高い
消費税課税事業者：番号取得手続きのほか、さまざまな手続きが必要になる

📝 このセクションのまとめ

インボイス制度は免税事業者だけでなく、課税事業者にも大きく影響する
2023年10月1日の制度開始に向けて、早めの準備が不可欠

そもそもインボイス制度（適格請求書等保存方式）とは何か

消費税インボイス制度の正式名称は「適格請求書等保存方式」といいます。一言で言うと、消費税に関する大きな大きなルール変更です。

ざっくり説明すると、得意先・売上先に発行する請求書に「T」から始まる13桁の登録番号（インボイスナンバー）を記載しなければならないというものです。その他にも、取引内容や税区分（8%・10%）ごとの消費税額の記載といった細かなルールがありますが、一番のメインは売上の請求書への番号記載です。

事業者区分	登録番号の形式
法人	法人番号の頭に大文字の「T」をつけた番号
個人事業主・フリーランス	新たに発行される大文字「T」から始まる13桁の番号（マイナンバーとは別）

消費税課税事業者の方は、基本的に「適格請求書発行事業者の登録申請書」に記載して番号取得の手続きを進めるのがよいでしょう。

⚠️ 注意

「インボイス制度＝免税事業者が経費を落とせなくなる制度」という勘違いが非常に多いです。正しくは、免税事業者がもらえていた消費税がもらえなくなるかもしれない制度です。ただし、インボイス番号を取得するということは、イコール消費税の課税事業者になって申告・納税することが条件になります。

制度開始は2023年10月1日、番号取得の申請期限は2023年3月31日までとなっています。この期限を過ぎると制度開始に間に合わなくなりますのでご注意ください。

📝 このセクションのまとめ

インボイス制度とは、請求書に「T」から始まる13桁の登録番号を記載するルール変更
番号取得申請期限は2023年3月31日
番号取得＝消費税課税事業者になること（申告・納税が必要）

取引先が番号を持っていないと課税事業者の消費税負担が増える

では、このことが現在消費税課税事業者である方にどのような影響を及ぼすのでしょうか。一言で言うと、皆さんの消費税の負担が増えてしまうということです。具体的な数字で見ていきましょう。

【ケース：売上1,000万円、経費500万円の場合】

項目	取引先が番号あり（従来通り）	取引先が番号なし
預かり消費税（売上1,000万×10%）	100万円	100万円
支払い消費税（経費500万×10%）	50万円（控除OK）	50万円（無効）
納付する消費税	50万円	100万円
差額（負担増）	―	＋50万円

取引先が適格請求書番号を持っていない場合、支払った消費税50万円は「無効」となり、仕入税額控除ができなくなります。結果として、皆さんの会社が納めるべき消費税は100万円になってしまいます。これは課税事業者にとって本当に踏んだり蹴ったりの話です。

📌 経過措置（激変緩和措置）について

取引先が免税事業者であっても、一部は控除できる経過措置があります。

制度開始から最初の3年間：支払い消費税の80%を控除可
次の3年間：支払い消費税の50%を控除可

上記のケースで言えば、最初の3年間は50万円×80%＝40万円を控除できるため、納付消費税は60万円で済みます。ただし従来より負担が増えることには変わりありません。

このような状況から、課税事業者の立場では取引先に番号取得をしてもらった方が有利です。一方で、免税事業者である仕入先・取引先からすれば、消費税分の値引きを求められる可能性があります。双方にとって大変な問題であり、どちらが悪いというものではありません。

📝 このセクションのまとめ

取引先が番号なしの場合、課税事業者の消費税負担が最大で支払い消費税分まるまる増える
経過措置として最初の3年間は80%、次の3年間は50%の控除が認められる
それでも従来よりも負担増となるため、取引先への番号取得促進が重要

課税事業者が絶対にやるべきこと①：請求書発行システムの導入・対応確認

ここからが本題です。適格請求書番号取得の手続きはすでに済ませたものとして、課税事業者が絶対にやるべきこと3選を見ていきましょう。

まず1つ目は、請求書にインボイス記載するためのシステム導入・確認です。

弥生会計・マネーフォワードなど既存の請求書発行システムを使っている方：アップデート対応できるかどうかを確認し、必要に応じてシステム変更を検討する
Excelで請求書を作成している方：Excelに番号を追記するだけでOK（特別なシステム対応は不要）
手書きの請求書の方：手書きでも問題なし。ただし番号を間違いなく記載すること

📝 このセクションのまとめ

既存システムのインボイス対応可否を早めに確認する
Excelや手書きの場合は番号を正確に記載すれば対応可能

課税事業者が絶対にやるべきこと②：仕入先・外注先の番号確認と事前合意

2つ目が最も大変です。仕入先・外注先等の番号の取得確認や事前の合意を行うことです。

まず、取引先が免税事業者かどうかは傍から見てなかなかわかりません。目安としては年間売上が1,000万円に達していなさそうな方については、現在の取引価格が税込みなのか税抜きなのかを確認してください。口頭だけでうやむやになっている可能性もあるため、まずこれを明らかにする必要があります。

さらに、番号を持っていない取引先が「番号を取得しない」と言った場合にどう対応するかを事前に決めておく必要があります。

📌 上場企業・大手企業が実施しているアンケートの内容

大手企業と取引している方には、すでに仕入先・外注先向けのアンケートが届いているケースがあります。その内容は以下の通りです。

適格請求書発行事業者への登録状況（申請済み・申請中・申請予定・申請しない）
申請済みの方は登録番号を教えてほしい
申請中・申請予定の方は完了予定時期と法人番号を教えてほしい
申請しないと回答した方はその理由を記入してほしい

このアンケートが意図するところは明らかで、「登録しないなら登録してほしい」という無言の圧力です。課税事業者の方もぜひ同様のテンプレートを作成し、仕入先・外注先に送ることをおすすめします。

⚠️ 注意：下請法上の禁止事項

取引先が番号を取得しないからといって、強制的に値下げを求めたり取引をやめたりすることは下請法上禁じられています。あくまでも事前にアンケートをとり、双方が合意する形を取ることが必要です。一方的な対応はトラブルの元となります。

特に建築業界などでは一人親方の個人事業主が多く、インボイス制度について全く知らないというケースも多いです。そういった方への説明がめちゃくちゃ大変になります。おそらく世の中でトラブルが勃発すると思います。「なぜ今まで消費税をもらっていたのに払ってくれないんだ」と、発注側が悪者扱いされてしまう可能性が高いです。そのためにも、早め早めの準備を着実に進めていただきたいと思います。

なお、番号の有無については国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で確認することができます。必ずこちらで確認するようにしてください。

中には、番号がなくとも外注先・仕入先が本当に重要な存在であるため、そのまま消費税を支払い続けるという会社もあります。一方で、新規の取引先に対しては「番号がなければ消費税の請求をしてもらわない」「そもそも番号がなければ取引しない」というルール化をされている会社も多いと聞きます。

📝 このセクションのまとめ

取引先が免税事業者かどうかを確認し、現在の取引価格（税込み・税抜き）を明確にする
仕入先・外注先に対してアンケートを送付し、番号取得状況を確認する
強制的な値下げ・取引停止は下請法上禁止。必ず双方合意の形をとる
国税庁の公表サイトで番号の有無を確認できる

課税事業者が絶対にやるべきこと③：経理処理の仕組み化と書類の保存

3つ目が、世の中の中小企業の経理担当者泣かせであり、税理士・会計事務所スタッフにとっても大変な内容です。経理処理の仕組み化と書類の保存です。

■ 経理処理が取引先によって変わる

例えば、11,000円（税込み）の外注費を支払った場合の仕訳処理を見てみましょう。

ケース	外注費（借方）	仮払消費税（借方）	現金（貸方）
取引先が番号あり（従来通り）	10,000円	1,000円	11,000円
取引先が番号なし（経過措置80%適用）	10,200円	800円（80%分）	11,000円

取引先が番号を持っていない場合、仮払消費税として計上できるのは1,000円の80%＝800円のみ（経過措置3年間の場合）。残り200円は控除できないため、雑損失として計上するか、決算時にまとめて振替処理する方法などが認められています。

⚠️ 注意

取引先によって経理処理が変わります。会計ソフト上でどのように柔軟に対応できるかはまだ全容がわかっていませんが、業務効率化を図らないと経理業務がめちゃくちゃ大変になります。おそらく取引先の名前を登録することによって自動的に対応してくれるようなソフトが出てくると思われます。

■ 書類の保存（仕入税額控除の要件）

支払った消費税を引くこと（仕入税額控除）には厳しい要件があります。「仕入税額控除」という名前がついているため仕入れに関わる消費税しか引けないと思いがちですが、そうではありません。消費税がかかるあらゆる経費（外注費・水道光熱費・家賃・通信費・雑費など）に関する消費税が対象です。ただし、以下の両方が必要です。

帳簿への記載
請求書等の保存（請求書・納品書・領収書など、品代・日付・対価等の記載があるもの）

⚠️ 注意：クレジットカード明細は無効

クレジットカード明細は経費を支払った証拠にはなりますが、消費税の計算上は残念ながら無効です。カード払いをしていたとしても、店舗が発行したレシートや領収書を必ず保存してください。カード会社が発行したカード明細は効力なし・無効です。領収書がなければ消費税の負担が増えます。

■ 少額特例・インボイス不要の例外

以前は3万円未満のものは領収書なしでもOKでしたが、制度変更によりすべて必要になったためブーイングが出ています。そこで、激変緩和措置として以下の例外が設けられています。

例外の内容	条件・備考
税込み1万円未満はインボイス不要（少額特例）	基準期間の売上1億円以下の事業者に限る
公共交通機関の領収書3万円未満のもの	インボイスなしでOK
自動販売機でのお買い物	インボイスなしでOK
従業員に支給する出張旅費等	インボイスなしでOK

📝 このセクションのまとめ

取引先が番号を持っているかどうかで経理処理の仕訳が変わる
仕入税額控除には帳簿記載と請求書等の保存の両方が必要
クレジットカード明細は消費税の計算上無効。店舗発行のレシート・領収書が必要
売上1億円以下の事業者は税込み1万円未満のものはインボイス不要（少額特例）

電子インボイスと改正電子帳簿保存法の関係

インボイスで紙の書類が増えるという話をしましたが、実は電子インボイスでもOKです。ただし、2つの要件を同時に満たす必要があります。

2023年10月からスタートする消費税インボイス制度の記載要件を満たすこと
2024年から本格スタートする改正電子帳簿保存法の要件を満たすこと

電子帳簿保存法は新しくできた法律ではなく、1998年から存在している法律です。税務申告に必要な領収書・請求書の保存を紙ではなくデータ保存でもOKとした法律で、うまく使えば業務効率化につながります。

電子帳簿保存法では、書類を以下の3種類に区分して管理します。

区分	対象書類	保存方法
①電子帳簿等保存	自社で作成する帳簿・決算書（会計データ）、契約書、発行する請求書（売上請求書）	電子保存の要件を満たす必要あり
②スキャナー保存	他社から紙でもらった領収書・請求書	スキャナー保存の要件を満たせば電子データで保存OK
③電子取引	他社から電子データのみで受領した領収書・請求書	電子データで保存必須（紙での保存は不可）

インボイス制度との関係で言うと、自社が発行する売上の請求書は①電子帳簿等保存、仕入先が発行する仕入れの請求書は②スキャナー保存または③電子取引の要件に従って保存することになります。

📌 個人的な見解：どちらを優先すべきか

①電子帳簿等保存（会計データの電子保存）：しばらく様子を見た方がよい
会計ソフトのデータをそのまま電子保存するもので、税務調査も紙の媒体ではなく会計データを見ながら行われることになります。重箱の隅をつつくような指摘がされてもおかしくないため、しばらくは様子見が賢明です。
②スキャナー保存：積極的に進めた方がよい
紙の書類を社内からなくすことができ、業務効率化に直結します。ただし要件をしっかり満たす必要があります。

スキャナー保存を行うためには、スキャナー本体だけでなく強力なシステムが必要です。スキャナーさえあればOKという勘違いが多いですが、システムの方が重要です。

タイムスタンプ機能を持っていること
訂正・削除の履歴が残るシステムであること
検索機能があること

会計ソフト各社が現在対応を進めているとのことですので、情報が出次第確認することをおすすめします。

📝 このセクションのまとめ

電子インボイスはインボイス制度の記載要件＋電子帳簿保存法の要件の両方を満たせばOK
電子帳簿保存法では書類を①電子帳簿等保存・②スキャナー保存・③電子取引の3種類に区分
①電子帳簿等保存は様子を見つつ、②スキャナー保存は積極的に進めることを推奨
スキャナー保存にはスキャナー本体に加え、タイムスタンプ機能・訂正削除履歴・検索機能を持つシステムが必要

まとめ：課税事業者がインボイス制度開始までにやるべきこと3選

今回は消費税インボイス制度について、消費税課税事業者に重点を置いて解説しました。最後に絶対にやるべきこと3選を整理します。

No.	やるべきこと	主なポイント
①	請求書発行システムの導入・対応確認	既存システムのアップデート対応確認。ExcelやWord、手書きの場合は番号を正確に記載するだけでOK
②	仕入先・外注先の番号確認と事前合意	アンケートを送付して番号取得状況を確認。強制的な値下げ・取引停止は下請法上禁止
③	経理処理の仕組み化と書類の保存・DX化	取引先によって仕訳が変わる。クレカ明細は無効。スキャナー保存の導入を検討