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2026.02.27

免税事業者はインボイス登録すべき？税理士が解説する最もお得な対応方法

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インボイス制度で免税事業者が最もお得になる対応方法を徹底解説します。

インボイス制度とは？制度の概要をおさらい

2023年10月1日からインボイス制度が始まります。この制度では、事業者に登録番号が付与され、その登録番号をもとに作成した適格請求書を発行する必要があります。

現行の請求書の記載事項に加えて、以下の項目を記載することが求められます。

インボイス発行事業者の名前
登録番号
適用している税率
税額

なぜ適格請求書が必要かというと、2023年10月1日以降はこの適格請求書の保存がされていないと、消費税の仕入税額控除ができなくなるからです。

📌 仕入税額控除とは？

事業者は、消費者から預かった消費税（売上の消費税）から、経費として支払った消費税を差し引いて、その差額を納付します。これを仕入税額控除と呼びます。

例えば、消費者から1,000円の消費税を預かり、仕入先に700円の消費税を支払った場合、差額の300円を納税すればよいということです。

インボイス制度が始まると、仕入先（卸売業者など）が免税事業者、つまりインボイスを発行できない事業者の場合、この仕入税額控除が使えなくなります。仕入先に支払った消費税700円を控除できなくなるため、1,000円全額を納税しなければならない事態になりかねません。

📝 このセクションのまとめ

インボイス制度では「適格請求書」の発行・保存が必要になる
適格請求書がないと仕入税額控除が受けられなくなる
免税事業者との取引では、課税事業者側の納税負担が増える可能性がある

課税事業者と免税事業者の違い

まず、課税事業者と免税事業者の定義を整理しておきましょう。

区分	定義	判断基準
課税事業者	消費税の納税義務がある事業者	基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円超
免税事業者	消費税の納税義務が免除されている事業者	基準期間の課税売上高が1,000万円以下

個人事業主の場合、「基準期間」とは2年前のことを意味します。また、開業から2年間はそもそも基準期間が存在しないため、原則として消費税の納税義務は免除されます。

2年前の課税売上高が1,000万円以下であれば基本的に免税となるため、個人事業主のおよそ4分の3が免税事業者とも言われています。

📌 免税事業者がインボイス登録するとどうなる？

これまで消費税が免税だった事業者も、インボイス制度に登録してインボイス発行事業者になることで、消費税を納付する義務が発生します。免税事業者のままでいれば適格請求書を発行できず、課税事業者との取引に影響が出る可能性があります。

インボイス制度の導入による個人事業主への影響は、大きく分けると次の通りです。

課税事業者になる場合：消費税の納税が発生する／経理・申告の手間が増える
免税事業者のままでいる場合：取引先から値引きを要求される可能性がある／最悪の場合、取引を打ち切られる可能性がある

📝 このセクションのまとめ

個人事業主の約3/4が免税事業者に該当する
インボイス登録すれば消費税納税義務が発生、しなければ取引上のリスクがある
どちらに転んでもデメリットがあるため、経営判断が重要になる

インボイス登録後の消費税計算：原則課税と簡易課税

インボイスに登録して消費税の申告をする場合、原則課税と簡易課税の2つの計算方法があります。

計算方法	概要	適用条件
原則課税	受け取った消費税から実際に支払った消費税を控除して納税額を算定する	すべての課税事業者が対象
簡易課税	業種ごとに設定された「みなし仕入率」を使って簡便的に計算する	基準期間の課税売上高が5,000万円以下の中小事業者

簡易課税は、中小事業者の事務負担を軽減するために設けられた制度です。業種ごとにみなし仕入率が定められており、原則課税よりも事務処理が簡単になります。

例えば、卸売業で売上が税込1,100万円だった場合を考えてみましょう。受け取った消費税額は100万円ですが、卸売業のみなし仕入率は90%なので、支払った消費税とみなされる金額は90万円。差し引き10万円の納税額となります。

業種別のみなし仕入率と、インボイス登録後に簡易課税を選択した場合の実質的な納税率は以下の通りです。

業種	みなし仕入率	売上消費税に対する納税率
卸売業	90%	10%
小売業・農業・林業・漁業（飲食料品）	80%	20%
農業・林業・漁業（飲食料品以外）・電気・ガス・建設業・製造業など	70%	30%
飲食店業など	60%	40%
金融・保険業・不動産業など	50%	50%
サービス業など（上記以外）	40%	60%

📝 このセクションのまとめ

インボイス登録後の消費税計算には「原則課税」と「簡易課税」の2択がある
簡易課税は基準期間の課税売上高5,000万円以下の事業者が利用できる
業種によってみなし仕入率が異なり、納税率は10%〜60%と幅がある

経過措置を理解する：段階的に縮小される控除率

インボイス制度には経過措置が設けられています。この措置がある間は、インボイスを発行できない免税事業者からの請求書であっても、一定の割合で仕入税額控除を受けることが可能です。

期間	控除可能な割合
〜2023年9月（制度開始前）	100%控除可能
2023年10月〜2026年9月（3年間）	80%控除可能
2026年10月〜2029年9月（3年間）	50%控除可能
2029年10月以降	控除不可

具体的な例で確認してみましょう。課税事業者が免税事業者から税込11万円（消費税1万円）で商品を仕入れた場合、控除できる消費税額は次のように変わります。

2023年9月まで：1万円全額が控除対象
2023年10月〜2026年9月：8,000円が控除可能（20%分の2,000円は損）
2026年10月〜2029年9月：5,000円が控除可能（50%分の5,000円は損）
2029年10月以降：控除ゼロ（1万円全額が損）

📌 経過措置を踏まえた登録タイミングの考え方

目先の3年間（〜2026年9月）は80%の控除ができるため、課税事業者への影響はまだ限定的です。しかし2026年10月以降は控除が半額になるため、そのタイミングが免税事業者にとってインボイス登録を検討すべき一つの節目と言えます。

📝 このセクションのまとめ

経過措置により、免税事業者との取引でも当面は一定割合の仕入税額控除が可能
2026年10月以降は控除が50%に減少し、課税事業者の負担が大きくなる
2029年10月以降は控除が完全になくなるため、長期的な視点での対応が必要

免税事業者はインボイスに登録すべきか？業種別シミュレーション

では実際に、免税事業者がインボイスに登録した場合と、登録せずに消費税の20%分を値引きして対応する場合を比較してみましょう。

以下の表は、簡易課税を選択してインボイスを導入した場合の納税率と、インボイスに登録せず消費税額の20%を値引きした場合の実質的な負担を比較したものです。

業種	簡易課税の納税率	消費税20%値引きの負担率	どちらが有利？
卸売業	10%	20%	簡易課税が有利
小売業など	20%	20%	ほぼ同等
建設業・製造業など	30%	20%	値引き対応が有利
飲食店業	40%	20%	値引き対応が有利
金融・保険・不動産	50%	20%	値引き対応が有利
サービス業など	60%	20%	値引き対応が有利

この比較から、簡易課税を選択して明らかに得になるのは卸売業だけということがわかります。卸売業以外の業種では、インボイスに登録して簡易課税にするよりも、消費税の20%分を値引きして対応した方が有利なケースが多いと言えます。

ただし、経過措置が80%控除の間（〜2026年9月）はこの計算が成り立ちますが、2026年10月以降は控除が50%に半減するため、値引きで対応しても簡易課税を使った時とほとんど差がなくなってきます。そのため、2026年10月前後が登録を検討すべきタイミングの一つと考えられます。

📝 このセクションのまとめ

卸売業はインボイス登録＋簡易課税が有利（納税率10%）
卸売業以外は経過措置期間中（〜2026年9月）は消費税20%分の値引き対応が有利なケースが多い
2026年10月以降は控除が50%に減るため、登録タイミングを再検討する必要がある

知っておきたい「2割特例」とは？

経過措置とは別に、2割特例（通称）と呼ばれる緩和措置があります。

📌 2割特例の概要

新たにインボイスに登録した事業者（これまで免税事業者だった方）は、売上時に預かった消費税額の20%を納税すればよいというルールです。業種に関係なく一律2割の納付となります。

2割特例の主なポイントは以下の通りです。

適用期間：2023年10月1日〜2026年9月30日（3年間）の各課税期間
業種関係なし：みなし仕入率に関わらず一律2割の納付
事前届け出不要：「今年は2割特例を使う」といった事前の届け出が不要
対象者：インボイス登録を機に新たに課税事業者となった方

手残りの観点から考えると、2割特例を使って消費税の20%を納税することは、インボイスに登録せずに消費税の20%分を値引きするのと実質的な負担は変わりません。

事務手続きの手間を考えると、3年間はインボイス登録を見送るという選択肢も十分検討に値します。ただし、取引先との関係や業種によって最適解は異なりますので、自分の状況に合わせた判断が大切です。

📝 このセクションのまとめ

2割特例は新規インボイス登録者が売上消費税の20%のみ納税できる制度
業種不問・事前届け出不要で使いやすい
適用期間は2023年10月〜2026年9月の3年間のみ
手残りベースでは「登録せず20%値引き」と実質同等のため、事務負担を考慮して判断を

課税事業者側の3つの負担とその対策

インボイス制度の導入は、課税事業者側にも間違いなく事務的な負担をもたらします。主な負担は3つあります。

【負担①】インボイス対応システムの導入

インボイスに対応した以下のシステムの導入を検討する必要があります。

会計システム
請求書の発行システム
受発注システム
POSレジ

現在使っているシステムで対応できない場合は、新たなシステムを導入する必要が出てきます。こういった新しいシステムを導入する場合は、IT導入補助金の活用をぜひ検討してください。

📌 IT導入補助金（デジタル化基盤導入枠）

中小企業・小規模事業者等が導入する会計ソフト・受発注ソフト・決済ソフト・ECソフトの経費の一部を補助してもらえます。補助率は2分の1〜4分の3以内で、最大350万円の補助金が受けられます。

【負担②】経理担当者の事務負担増加

インボイスの導入に伴い、以下の事務作業が増加します。

適格請求書の交付・保存
請求書の記載項目の増加への対応
8%・10%など複数税率に対応した複雑な税額計算
インボイスのルールに則った記帳管理

事務手続きが増えて煩雑になり、残さなければならない書類も増えます。先ほど紹介した会計システムなどの導入が、経理担当者の負担軽減につながるでしょう。

【負担③】免税事業者との交渉

取引先が免税事業者の場合、インボイスを発行できないため、課税事業者側が消費税の仕入税額控除で損をする可能性があります。経過措置期間中（〜2026年9月）は20%分の損が発生するため、その分の値引き交渉が生じることもあります。

⚠️ 注意：一方的な値下げ要求・取引打ち切りは違法になる可能性あり

インボイスを理由とした一方的な値下げ要求や契約解除の圧力は、下請法や独占禁止法に触れる可能性があります。公正取引委員会もこの点について注意喚起を行っています。取引後に「免税事業者だったから消費税分を払わない」といった後出しの対応も問題になりますので、事前に取引先としっかり話し合い、合意を得た上で適切な価格設定を行うことが重要です。

📝 このセクションのまとめ