医療・クリニックに強い税理士おすすめ14選【2026年最新】編集部取材
クリニックや医療法人の税務は、社会保険診療報酬の概算経費率・医療法人化やMS法人の判断・持分や認定医療法人を含む承継など、一般の法人税務にはない論点が多く、医療機関の顧問経験があるかどうかで提案の質が大きく変わります。本記事では、e-zeirishi.com編集部が実際に取材した事務所のなかから、医療機関への対応を取材で明言している14社を紹介します。医療専門・医療部門を持つ事務所から、首都圏で医療法人に対応できる総合型、地方・オンラインで医療に向き合う事務所まで、3つのタイプ別に整理しました。何を基準に選ぶかは「医療・クリニックに強い税理士の選び方」もあわせてご覧ください。
医療・クリニックに強い税理士14社【編集部取材】
1医療専門・医療部門を持つ税理士(4社)
医療機関だけを支援する専門事務所や、医療専任の部門を社内に持つ事務所です。診療報酬の仕組みや医療法人化・承継の実務を日常的に扱っているため、クリニック・医療法人の経営を深く相談したい先生に向いています。


ハナメディカル会計事務所
- 医療機関専門
- 代表が直接担当
- 60日無料セカンドオピニオン
- 全国オンライン対応
東京・上野を拠点に、クリニックと医療法人だけを支援する医療特化の税理士事務所。代表は大手税理士法人の医療専門部門で医療法人の月次顧問に加え、医療法人設立・事業承継・認定医療法人申請・税務デューデリジェンスまで担当したのち独立しました。担当者を置かず代表が直接向き合い、クラウド会計で経理をシンプルにしたうえで、患者数や診療単価など経営判断に直結する数字を絞って伝えるスタイル。いまの顧問税理士を続けたまま試せる「60日間の無料セカンドオピニオン」も用意しており、乗り換えを迷っている段階でも相談しやすい事務所です。
2首都圏・大都市で医療法人にも対応できる総合型の税理士(5社)
法人顧問を軸にしながら、医療法人やクリニックにも対応できる東京・大阪の事務所です。院長個人の資産・相続や労務まで一体で見てほしい先生、開業支援から長く付き合える事務所を探している先生に向いています。
3地方・オンラインで医療に対応する税理士(5社)
地域に根ざしつつ、開業医や医療法人の顧問を手がけている事務所です。地元の医療事情を知る税理士に対面で相談したい先生や、オンラインで全国から医療に理解のある税理士を探している先生に向いています。
医療に強い税理士の選び方 5つのポイント
1.医療機関の顧問実績と担当体制
「医療も対応できます」と「医療機関の顧問を日常的に扱っている」は別物です。医療専門の部門があるか、担当者が医療の案件を専任で見ているか、他院の事例や診療報酬改定の動きを踏まえて話せるかを確認しましょう。本記事では取材で医療対応を明言した事務所のみを掲載しています。
2.概算経費率・自由診療の消費税など医療特有の判定
社会保険診療報酬の概算経費率(措置法第26条)を毎年判定してもらえているか、自由診療の売上と消費税の扱いを整理してくれるかは、医療税務の基本です。これらを説明なく処理している場合、医療の経験が浅い可能性があります。
3.医療法人化・MS法人の判断を数字で示せるか
法人化やMS法人の設立は、税額だけでなく社会保険・事務負担・分院や承継の計画まで含めて判断する必要があります。損益分岐やメリット・デメリットをシミュレーションで示し、「まだ個人のままでよい」と言える税理士が信頼できます。
4.承継・出口まで見据えた提案
持分あり・なしの医療法人、認定医療法人への移行、親族内承継や第三者承継、院長個人の相続まで、医療機関の出口は選択肢が多く準備に時間がかかります。目の前の申告だけでなく、10年先の承継を一緒に考えてくれるかを確認しましょう。
5.対応エリアと面談スタイル
クラウド会計とオンライン面談で全国対応する事務所が増える一方、地元の医療事情や金融機関との折衝では地域密着が有利な場面もあります。本記事では所在地とオンライン対応の有無を明記しているので、対面で相談したいかどうかも踏まえて選んでください。
開業準備期から承継期までのステージ別チェックリストや、診療科目別の税務ポイント、医療特化税理士の見極め方は、別記事「医療・クリニックに強い税理士の選び方|開業から承継まで完全ガイド」で詳しく解説しています。
医療機関の税理士費用の目安【依頼内容別】
医療機関の税理士費用は、個人開業か医療法人か、診療科目や売上規模、自由診療の比率、分院の有無などによって変わります。医療特有の判定や社会保険の設計が加わる分、一般的な法人顧問より1〜2割高い水準になることもあります。以下は2026年時点の一般的な目安です。
| 依頼内容 | 対応範囲 | 費用の目安 |
|---|---|---|
| 個人クリニックの税務顧問 | 月次の記帳確認・面談・年1回の確定申告 | 月3万〜5万円+申告料 |
| 医療法人の税務顧問 | 月次監査・決算・法人税申告・役員報酬設計 | 月5万〜10万円+決算料 |
| 決算・申告料 | 年1回の決算書・申告書の作成 | 顧問料の4〜6か月分が目安 |
| 開業支援 | 事業計画・資金繰り表・融資の申込支援 | 20万〜50万円 |
| 医療法人設立サポート | 法人化シミュレーション・認可申請の書類作成支援 | 50万〜100万円 |
| セカンドオピニオン・スポット相談 | 現在の顧問先の処理や法人化・承継の相談 | 1万〜3万円/回(無料の事務所も) |
※ 医療法人の設立には行政書士など他士業の費用や登録免許税が別途かかる場合があります。給与計算や労務まで含めるか、年末調整・償却資産申告を含むかで金額は変わるため、正確な金額は各事務所の無料相談で対応範囲とあわせて確認してください。
よくある質問
社会保険診療報酬の概算経費率(措置法第26条)の適用判定、自由診療の消費税、医療法人化やMS法人の損益分岐、持分の有無や認定医療法人といった承継の論点は、一般の法人税務にはない医療特有のテーマです。医療機関の顧問を日常的に扱っている事務所は、他院の事例や診療報酬改定の動きを踏まえて提案できるため、数字の見方そのものが変わります。
できます。本記事で紹介している事務所の多くは、事業計画や資金繰り表の作成、開業資金の調達支援など、開業準備の段階から関わっています。開業地や内装・医療機器の選定は別の専門家に相談しつつ、計画が数字の面で無理のないものかを税理士に確認しておくと、開業後の経営が安定しやすくなります。
一般的には所得が一定水準を超え、税負担面のメリットが出始める時期が目安とされますが、診療科目・家族構成・後継者の有無・分院の予定によって最適なタイミングは異なります。法人化すると社会保険や事務負担も変わるため、税額の試算だけでなく、承継まで見据えて判断できる税理士に相談してください。
クラウド会計とオンライン面談を活用して全国対応している事務所は増えており、地域による制限を設けていない事務所もあります。一方で、地元の医療事情や金融機関との折衝では地域密着が有利な場面もあるため、対面で相談したいか、オンラインで完結させたいかを踏まえて選ぶとよいでしょう。
歯科は対象です。医療法上、医療法人は医師または歯科医師が常時勤務する診療所を運営する法人と定められており(医療法39条)、医療を専門とする税理士事務所であれば歯科医院にも基本的に対応しています。自由診療の比率が高い場合の消費税の扱いなど、歯科特有の論点もあわせて相談できます。介護は介護報酬をベースに運営されるため、介護事業所の顧問実績があるかを事務所に確認してください。
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※本記事は2026年9月時点の情報に基づき、e-zeirishi.com編集部の取材内容をもとに作成しています。掲載順・分類は医療分野への対応度を編集部が考慮したものであり、完全なランキングではありません。「認定パートナー」は良い税理士の掲載プラン契約事務所です。各事務所のサービス内容・料金は変更される場合があります。費用の目安はあくまで一般的なものであり、すべての方に最適であることを保証するものではありません。具体的な手続き・税務判断は各事務所にご確認ください。












