医療・クリニック

医療・クリニックに強い税理士おすすめ14選【2026年最新】編集部取材

クリニックや医療法人の税務は、社会保険診療報酬の概算経費率・医療法人化やMS法人の判断・持分や認定医療法人を含む承継など、一般の法人税務にはない論点が多く、医療機関の顧問経験があるかどうかで提案の質が大きく変わります。本記事では、e-zeirishi.com編集部が実際に取材した事務所のなかから、医療機関への対応を取材で明言している14社を紹介します。医療専門・医療部門を持つ事務所から、首都圏で医療法人に対応できる総合型、地方・オンラインで医療に向き合う事務所まで、3つのタイプ別に整理しました。何を基準に選ぶかは「医療・クリニックに強い税理士の選び方」もあわせてご覧ください。

医療・クリニックに強い税理士14社【編集部取材】

1医療専門・医療部門を持つ税理士(4社)

医療機関だけを支援する専門事務所や、医療専任の部門を社内に持つ事務所です。診療報酬の仕組みや医療法人化・承継の実務を日常的に扱っているため、クリニック・医療法人の経営を深く相談したい先生に向いています。

良い税理士 認定パートナー
認定パートナー
ハナメディカル会計事務所の取材記事

ハナメディカル会計事務所

東京都台東区(上野)・全国オンライン対応
  • 医療機関専門
  • 代表が直接担当
  • 60日無料セカンドオピニオン
  • 全国オンライン対応

東京・上野を拠点に、クリニックと医療法人だけを支援する医療特化の税理士事務所。代表は大手税理士法人の医療専門部門で医療法人の月次顧問に加え、医療法人設立・事業承継・認定医療法人申請・税務デューデリジェンスまで担当したのち独立しました。担当者を置かず代表が直接向き合い、クラウド会計で経理をシンプルにしたうえで、患者数や診療単価など経営判断に直結する数字を絞って伝えるスタイル。いまの顧問税理士を続けたまま試せる「60日間の無料セカンドオピニオン」も用意しており、乗り換えを迷っている段階でも相談しやすい事務所です。

新経営サービス清水税理士法人の取材記事

新経営サービス清水税理士法人

京都府京都市

1957年に京都で初の女性税理士が創業した老舗の税理士法人。税理士法人の中に医療福祉部門と歯科部門を独立して置き、部門のメンバーは医療機関の案件を専任で扱います。診療報酬の仕組みまで踏まえた助言と、担当者の背後にチームが控えて難しい論点をすぐ支援できる体制が特徴。相続承継・経営財務の専門部門や、グループの社労士法人・司法書士事務所とも連携し、医院の開業から法人化・承継まで一貫して相談できます。歯科医院向けの経営支援も行っています。

税理士法人KMCパートナーズの取材記事

税理士法人KMCパートナーズ

東京都渋谷区

1971年創業、渋谷サクラステージに拠点を置く総合型の税理士法人。創業期から医療分野を開拓してきた幹部が長く在籍し、現在も医療事業部長のもとで医療系の顧問先を多数支えています。内科・外科のクリニックだけでなく、特別養護老人ホームや介護老人保健施設まで多様な診療科・施設のケースと、医療法人化のノウハウが社内に蓄積されているのが強み。代表は医業経営コンサルタントの認定も持ち、M&A支援やBPOまで「Team CFO」として伴走します。

アイネックス税理士法人の取材記事

アイネックス税理士法人

京都府京都市・大阪府大阪市

京都本社と大阪支店の関西2拠点で法人顧問を展開する税理士法人。事業部制を敷き、医療事業部では医療特有の税務や経営課題に精通したメンバーが担当します。医療機器メーカーなど関連企業とのつながりからクリニックの開業支援に携わるケースが多く、そこからの紹介で医療分野が広がってきました。中期経営計画の策定やM&A支援まで踏み込む「問題解決業」を掲げ、開業から承継までを一つの事務所で見てもらえます。

2首都圏・大都市で医療法人にも対応できる総合型の税理士(5社)

法人顧問を軸にしながら、医療法人やクリニックにも対応できる東京・大阪の事務所です。院長個人の資産・相続や労務まで一体で見てほしい先生、開業支援から長く付き合える事務所を探している先生に向いています。

ハートランド税理士法人の取材記事

ハートランド税理士法人

大阪府大阪市・東京都品川区

大阪を本拠に東京にも拠点を持ち、社労士法人を併設する大手の総合型税理士法人。税務担当者の層が厚く、医療法人・学校法人・宗教法人といった特殊法人にも社内で知見を共有し、経験のある担当者をアサインできる体制です。国税局の複雑な税務調査への対応やクラウド会計の導入支援、経営コンサルティングまでメニューが広く、「税理士への期待を超える」提案型のスタンスが特徴。設立直後のクリニックから医療法人まで、規模に応じた支援を受けられます。

税理士法人総和の取材記事

税理士法人総和

東京都港区(表参道)・渋谷区・千葉県

表参道に本店を構え、渋谷支店と千葉拠点を持つ老舗の税理士法人。製造業から芸能、不動産、医療法人まで業種を限定せず対応し、元国税局OBの税理士も在籍しています。相続・資産税を統括するチームがあるため、院長個人の相続や医療法人の承継まで、法人と個人を一体で相談できるのが強み。台湾・香港・中国など海外の投資家・法人向けの多言語対応も行う、東京の総合型事務所です。

税理士法人クラウドパートナーズの取材記事

税理士法人クラウドパートナーズ

東京都千代田区・新宿区・渋谷区、札幌市、大阪市

freee・マネーフォワードを軸にしたクラウド会計と生成AIの活用で、バックオフィスを丸ごと支える税理士法人。東京・札幌・大阪の5拠点に社労士法人を併設しています。医療・福祉系の顧問先では、会計税務だけでなく労務まで含めた一貫したバックオフィス支援のニーズが大きく、社労士法人と連携したトータルサポートが評価されています。クラウドで経理を効率化しつつ、スタッフの労務管理まで一つの窓口で任せたいクリニックに向いています。

ArcherConsulting総合会計事務所の取材記事

ArcherConsulting総合会計事務所

東京都豊島区(池袋)

元経営者の税理士が代表を務める池袋の会計事務所。独立当初からクリニック開業支援のサービスを立ち上げ、公益法人・資産税・M&A・ファンド税務まで幅広く対応できる体制を整えてきました。「安さだけの税理士はもう要らない」を掲げ、人生の出口まで見据えて長く伴走するスタイル。開業準備の段階から相談したい先生や、開業後の資産形成・相続まで一つの事務所で見てほしい先生に向いています。

定岡佳代税理士事務所の取材記事

定岡佳代税理士事務所

東京都練馬区

建設コンサルタントから専業主婦を経て税理士となった代表が率いる練馬の事務所。資格取得後は四谷の医療法人特化の税理士法人で実務に打ち込み、医療法人の税務に触れてきた経歴を持ちます。「経営者はピッチャー、私はキャッチャー」をモットーに、対話と即レスを重視した伴走スタイルが特徴。拡大より一人ひとりへの伴走を優先しているため、院長と直接やり取りしながら数字を見てほしい小規模クリニックに向いています。

3地方・オンラインで医療に対応する税理士(5社)

地域に根ざしつつ、開業医や医療法人の顧問を手がけている事務所です。地元の医療事情を知る税理士に対面で相談したい先生や、オンラインで全国から医療に理解のある税理士を探している先生に向いています。

みそら税理士法人の取材記事

みそら税理士法人

兵庫県姫路市(神戸・明石・大阪・名古屋)

兵庫県姫路市を本拠に、神戸・明石・大阪・名古屋へ拠点を広げる税理士法人。法人顧問が中心ですが、個人のお客様はクリニックが中心で、開業医の税務に日常的に向き合っています。代表はトーマツ・アクセンチュア・企業再生支援機構で財務・戦略・再生を経験した公認会計士で、M&A・事業承継支援にも強み。顧問先の黒字率の高さを支える「おせっかい経営支援」で、関西・東海圏の医院を後押しします。

岡原優太税理士事務所の取材記事

岡原優太税理士事務所

広島県広島市

広島市中区で税理士2名体制の事務所。前職の公認会計士事務所で法人税務を積んだ縁から医療法人の顧問先が比較的多く、経営計画の策定と実行管理に力を入れています。「税理士という枠を超えて一番の相談役に」を理念に、社外の財務取締役のような立ち位置で関与。30代の代表が同世代の院長と価値観を共有しながら伴走します。オンラインで県外にも対応しています。

北倉会計事務所の取材記事

北倉会計事務所

岐阜県大垣市

大垣市を中心に西濃地方の経営者を17年支える事務所。業種に大きな偏りはないものの、医療・介護関係の顧問先が比較的多いのが特徴です。「無理な節税より事業の継続を」を信条に、相続税申告も手がける地域密着型。地元だからすぐ動けるフットワークと対面の価値を大切にしており、西濃エリアで開業する医院・介護事業者が身近に相談できる存在です。

税理士法人やまぐちパートナーズの取材記事

税理士法人やまぐちパートナーズ

山口県宇部市(県内3拠点・東京)

山口県宇部市を本拠に県内3拠点と東京拠点を持つ税理士法人。地元には山口大学医学部附属病院があり、そこから独立する開業医の開業支援からお付き合いが始まるケースも多いといいます。信用金庫の融資担当出身の代表が資金繰りと経営計画に強く、freeeの五つ星認定は山口県で唯一。個人事業主から大規模法人まで対応する体制で、山口で開業する先生を開業前から支えます。

ホームスチール税理士事務所の取材記事

ホームスチール税理士事務所

大阪府大阪市(全国対応)

税理士法人ゆびすいで法人顧問・相続専門部・医療介護専門部を経験し、33歳で独立した代表が率いる大阪の事務所。医療介護専門部での実務経験をもとに、司法書士との連携によるワンストップ体制で医院の税務・法務の相談に対応します。経営心理士の資格を活かした対話型の顧問スタイルで、「ちょうど良い他人」として経営者に寄り添う。大阪を拠点に全国の中小企業を支援しています。

医療に強い税理士の選び方 5つのポイント

1.医療機関の顧問実績と担当体制

「医療も対応できます」と「医療機関の顧問を日常的に扱っている」は別物です。医療専門の部門があるか、担当者が医療の案件を専任で見ているか、他院の事例や診療報酬改定の動きを踏まえて話せるかを確認しましょう。本記事では取材で医療対応を明言した事務所のみを掲載しています。

2.概算経費率・自由診療の消費税など医療特有の判定

社会保険診療報酬の概算経費率(措置法第26条)を毎年判定してもらえているか、自由診療の売上と消費税の扱いを整理してくれるかは、医療税務の基本です。これらを説明なく処理している場合、医療の経験が浅い可能性があります。

3.医療法人化・MS法人の判断を数字で示せるか

法人化やMS法人の設立は、税額だけでなく社会保険・事務負担・分院や承継の計画まで含めて判断する必要があります。損益分岐やメリット・デメリットをシミュレーションで示し、「まだ個人のままでよい」と言える税理士が信頼できます。

4.承継・出口まで見据えた提案

持分あり・なしの医療法人、認定医療法人への移行、親族内承継や第三者承継、院長個人の相続まで、医療機関の出口は選択肢が多く準備に時間がかかります。目の前の申告だけでなく、10年先の承継を一緒に考えてくれるかを確認しましょう。

5.対応エリアと面談スタイル

クラウド会計とオンライン面談で全国対応する事務所が増える一方、地元の医療事情や金融機関との折衝では地域密着が有利な場面もあります。本記事では所在地とオンライン対応の有無を明記しているので、対面で相談したいかどうかも踏まえて選んでください。

開業準備期から承継期までのステージ別チェックリストや、診療科目別の税務ポイント、医療特化税理士の見極め方は、別記事「医療・クリニックに強い税理士の選び方|開業から承継まで完全ガイド」で詳しく解説しています。

医療機関の税理士費用の目安【依頼内容別】

医療機関の税理士費用は、個人開業か医療法人か、診療科目や売上規模、自由診療の比率、分院の有無などによって変わります。医療特有の判定や社会保険の設計が加わる分、一般的な法人顧問より1〜2割高い水準になることもあります。以下は2026年時点の一般的な目安です。

依頼内容対応範囲費用の目安
個人クリニックの税務顧問月次の記帳確認・面談・年1回の確定申告月3万〜5万円+申告料
医療法人の税務顧問月次監査・決算・法人税申告・役員報酬設計月5万〜10万円+決算料
決算・申告料年1回の決算書・申告書の作成顧問料の4〜6か月分が目安
開業支援事業計画・資金繰り表・融資の申込支援20万〜50万円
医療法人設立サポート法人化シミュレーション・認可申請の書類作成支援50万〜100万円
セカンドオピニオン・スポット相談現在の顧問先の処理や法人化・承継の相談1万〜3万円/回(無料の事務所も)

※ 医療法人の設立には行政書士など他士業の費用や登録免許税が別途かかる場合があります。給与計算や労務まで含めるか、年末調整・償却資産申告を含むかで金額は変わるため、正確な金額は各事務所の無料相談で対応範囲とあわせて確認してください。

よくある質問

社会保険診療報酬の概算経費率(措置法第26条)の適用判定、自由診療の消費税、医療法人化やMS法人の損益分岐、持分の有無や認定医療法人といった承継の論点は、一般の法人税務にはない医療特有のテーマです。医療機関の顧問を日常的に扱っている事務所は、他院の事例や診療報酬改定の動きを踏まえて提案できるため、数字の見方そのものが変わります。

できます。本記事で紹介している事務所の多くは、事業計画や資金繰り表の作成、開業資金の調達支援など、開業準備の段階から関わっています。開業地や内装・医療機器の選定は別の専門家に相談しつつ、計画が数字の面で無理のないものかを税理士に確認しておくと、開業後の経営が安定しやすくなります。

一般的には所得が一定水準を超え、税負担面のメリットが出始める時期が目安とされますが、診療科目・家族構成・後継者の有無・分院の予定によって最適なタイミングは異なります。法人化すると社会保険や事務負担も変わるため、税額の試算だけでなく、承継まで見据えて判断できる税理士に相談してください。

クラウド会計とオンライン面談を活用して全国対応している事務所は増えており、地域による制限を設けていない事務所もあります。一方で、地元の医療事情や金融機関との折衝では地域密着が有利な場面もあるため、対面で相談したいか、オンラインで完結させたいかを踏まえて選ぶとよいでしょう。

歯科は対象です。医療法上、医療法人は医師または歯科医師が常時勤務する診療所を運営する法人と定められており(医療法39条)、医療を専門とする税理士事務所であれば歯科医院にも基本的に対応しています。自由診療の比率が高い場合の消費税の扱いなど、歯科特有の論点もあわせて相談できます。介護は介護報酬をベースに運営されるため、介護事業所の顧問実績があるかを事務所に確認してください。

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※本記事は2026年9月時点の情報に基づき、e-zeirishi.com編集部の取材内容をもとに作成しています。掲載順・分類は医療分野への対応度を編集部が考慮したものであり、完全なランキングではありません。「認定パートナー」は良い税理士の掲載プラン契約事務所です。各事務所のサービス内容・料金は変更される場合があります。費用の目安はあくまで一般的なものであり、すべての方に最適であることを保証するものではありません。具体的な手続き・税務判断は各事務所にご確認ください。